Hệ thống phân tích lai huỳnh quang MFISH là một phần mềm hình ảnh thực tế hoàn toàn mới được phát triển đặc biệt để chụp và xử lý hình ảnh vi mô huỳnh quang. Hệ thống phân tích lai tại chỗ huỳnh quang này sử dụng đầu dò axit nucleic đặc hiệu được đánh dấu huỳnh quang để lai với các phân tử DNA hoặc RNA mục tiêu tương ứng trong tế bào để xác định hình thái và phân bố của các tế bào hoặc bào quan bị nhuộm sau khi lai với đầu dò huỳnh quang bằng cách quan sát tín hiệu huỳnh quang dưới kính hiển vi huỳnh quang hoặc máy quét laser đồng tập trung hoặc xác định vị trí của các vùng DNA hoặc phân tử RNA kết hợp với đầu dò huỳnh quang trong nhiễm sắc thể hoặc các bào quan khác.